തിരുവിതാംകൂർ ചരിത്രത്തിൽ പ്രാധാന്യമർപ്പിച്ചിരുന്ന എട്ടരയോഗത്തിലെ പ്രഥമസ്ഥാനീയരായിരുന്ന കൂപക്കരമഠത്തിന് അവകാശപ്പെട്ടതായിരുന്നു ഈ ക്ഷേത്രം. കാലഗതിയിൽ ഈ ക്ഷേത്രം ജീർണ്ണാവസ്ഥയിലായി. ക്ഷേത്ര ഉടമയായിരുന്ന കൂപക്കര മഠക്കാർ ശാസ്തമംഗലം പേവർത്തല വീട്ടിൽ കേശവക്കുറുപ്പ് എന്ന കരപ്രമാണിയെ പൂജാദികർമ്മങ്ങൾ നിർവഹിക്കുന്നതിന് ചുമതലപ്പെടുത്തി.

അദ്ദേഹം പിന്നീട് രാമൻപിള്ള എന്ന കരപ്രമാണിയെ ക്ഷേത്ര കാര്യങ്ങൾ നിർവഹിക്കുന്നതിനായി ഏല്പ്പിച്ചു. അതിനുശേഷം ബാലകൃഷ്ണപിള്ളസ്വാമിയെ ചുമതലയേല്പ്പിച്ചു. അദ്ദേഹത്തിന്റെ മരണശേഷം നിത്യപൂജകൾ യഥാവിധി നടത്തിക്കൊണ്ടുപോകാൻ സാധിക്കാതെ വന്നു. ഈ അവസ്ഥയിൽ ക്ഷേത്ര നടത്തിപ്പിനായി കേരള ക്ഷേത്രസംരക്ഷണ സമിതിയുടെ പേർക്ക് ക്ഷേത്ര സ്വത്തുക്കളും, ക്ഷേത്രവും ഉടമസ്ഥരായ കൂപക്കരമഠത്തിന്റെ അവകാശികൾ പ്രമാണം ചെയ്ത് അവകാശം ഒഴിഞ്ഞ് കൊടുത്തു. ശ്രീ കുമാരാരാമം ഇടപ്പഴനി ശ്രീബാലസുബ്രഹ്മണ്യസ്വാമി ക്ഷേത്രസമിതി 1981 - ൽ 596/81-ാം നമ്പരായി കേരള ക്ഷേത്ര സംരക്ഷണ സമിതിയിൽ രജിസ്റ്റർ ചെയ്തു. സമിതിയുടെ നിർദേശാനുസരണം തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ട ഭരണസമിതി ക്ഷേത്രഭരണം നിർവഹിക്കുന്നു.